008240612s2023      us  |||||||||||||||c||eng  d
■001000016935252
■00520240214101910
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798380858519
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI30686682
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a574.191
■1001  ▼aSoto,  Jenaro.
■24510▼aCharacterizing  Dynamics  of  DNA  Binding  Proteins;  p53  and  DinB  Homolog  Polymerase  (Dbh)▼h[electronic  resource]
■260    ▼a[S.l.]:▼bUniversity  of  California,  Irvine.  ▼c2023
■260  1▼aAnn  Arbor  :▼bProQuest  Dissertations  &  Theses,  ▼c2023
■300    ▼a1  online  resource(125  p.)
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  85-05,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Cocco,  Melanie.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  California,  Irvine,  2023.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  sold  to  any  third  party  vendors.
■520    ▼aSolution  state  NMR  was  used  to  study  two  DNA-binding  proteins.  Chapter  one  covers  the  different  NMR  techniques  used,  including  hydrogen  exchange,  relaxation,  chemical  shift  analysis,  and  temperature  coefficients.  In  addition,  I  also  implement  circular  dichroism  and  protein  sequence  analysis  to  supplement  the  NMR  studies.  Chapter  two  covers  the  p53  project,  in  which  we  compare  protein  dynamics  between  WT  and  rescue  mutants  to  understand  the  mechanism  of  stabilization.  We  measured  and  compared  dynamics  from  NMR  hydrogen  exchange  rates  of  backbone  amides  and  find  that  both  rescue  mutants  impose  a  global  stabilizing  effect  that  dampens  their  motions  in  the  beta-sandwich  compared  to  WT  DBD.  We  also  compared  NMR  relaxation  results  to  obtain  flexibility  information  in  the  ps  to  ns  timescale  regime.  Chapter  three  covers  the  dynamics  of  the  DinB  homolog  polymerase  (Dbh).  This  polymerase  belongs  to  the  Y-family  of  translesion  DNA  polymerases  that  can  synthesize  using  a  damaged  DNA  template.  Since  Dbh  comes  from  the  thermophilic  archaeon  Sulfolobus  acidocaldarius,  it  is  capable  of  functioning  in  a  wide  range  of  temperatures.  Here  we  use  NMR  and  circular  dichroism  to  understand  how  the  structure  and  dynamics  of  Dbh  are  affected  by  temperature  (2-65°C) magnesium  and  manganese.  HX  reveals  that  both  the  thumb  and  finger  domains  are  very  dynamic  relative  to  the  palm  and  LF  domains.  These  trends  remain  true  at  high  temperatures  with  dynamics  increasing  as  temperatures  increase  from  35  °C  to  50  °C.  Notably,  NMR  and  CD  spectra  show  that  Dbh  tertiary  structure  cold  denatures  beginning  at  25  °C  and  increasing  in  denaturation  as  the  temperature  is  lowered  to  5  °C  with  little  change  observed  by  CD.  Chemical  shift  perturbation  analysis  in  the  presence  and  absence  of  magnesium  and  manganese  reveals  three  ion  binding  sites,  even  in  the  absence  of  DNA.
■590    ▼aSchool  code:  0030.
■650  4▼aBiophysics.
■650  4▼aBiology.
■650  4▼aPharmaceutical  sciences.
■653    ▼aDinB  homolog  polymerase
■653    ▼aHydrogen  exchange
■653    ▼aNMR
■653    ▼aDNA  binding  domain
■653    ▼aProtein  dynamics
■653    ▼aTemperature  coefficients
■690    ▼a0786
■690    ▼a0306
■690    ▼a0572
■71020▼aUniversity  of  California,  Irvine▼bPharmacological  Sciences.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g85-05B.
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■790    ▼a0030
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2023
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T16935252▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.
■980    ▼a202402▼f2024