008240612s2021      us  |||||||||||||||c||eng  d
■001000016930928
■00520240214095836
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798380306867
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI28410857
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a581
■1001  ▼aFulton,  James  C.
■24510▼aApplying  Genomic  Diagnostic  Techniques  to  Plant  Pathology:  A  Redefinition  of  Form  and  Function▼h[electronic  resource]
■260    ▼a[S.l.]:▼bUniversity  of  Florida.  ▼c2021
■260  1▼aAnn  Arbor  :▼bProQuest  Dissertations  &  Theses,  ▼c2021
■300    ▼a1  online  resource(142  p.)
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  85-03,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Dufault,  Nicholas  S.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  Florida,  2021.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  sold  to  any  third  party  vendors.
■520    ▼aIn  research  Chapter  1,  we  describe  research  into  a  bacterial  soft  rot  pathogen  causing  disease  in  Haiti.  A  survey  was  completed  in  July  2018  to  farms  in  Arcahaie,  Haiti  to  describe  symptomology,  estimate  disease  incidence,  and  investigating  possible  epidemiological  factors  contributing  to  disease.  Collected  isolates  were  used  during  inoculation  trials  resulting  in  a  clear  demonstration  of  their  pathogenicity.  A  comparative  genomics  study  then  revealed  the  similarity  between  these  isolates  and  others  including  nosocomial  isolates.In  research  Chapter  2,  a  study  described  the  population  of  Fusarium  oxysporum  f.  sp.  niveum  (Fon),  the  cause  of  Fusarium  wilt  of  watermelon  (Citrullus  lanatus)  by  completing  multilocus  sequence  analysis  (MLSA)  of  two  housekeeping  genes  (BT  and  TEF)  and  two  loci  (ITS  and  IGS),  aggressiveness  and  race-determining  bioassays  on  72  isolates  collected  between  2011  and  2015  from  major  watermelon  production  areas  in  North,  Central,  and  South  Florida.  Multilocus  sequence  analysis  (MLSA)  failed  to  group  race  3  isolates  into  a  single  large  clade;  moreover,  clade  membership  was  not  apparently  correlated  with  aggressiveness  (which  varied  both  within  and  between  clades),  and  only  slightly  with  sampling  location.  The  failure  of  multilocus  sequence  analysis  using  four  highly  conserved  housekeeping  genes  and  loci  to  clearly  group  and  delineate  known  Fon  races  provides  justification  for  future  whole  genome  sequencing  efforts  whose  more  robust  genomic  comparisons  will  provide  higher  resolution  of  intra-species  genetic  distinctions.In  research  Chapter  3,  Fon  isolates  genome  assemblies  were  built  from  a  combination  of  long-read  and  short-read  sequencing  platforms.  These  assemblies  were  then  compared  and  the  degree  of  synteny  between  individual  chromosomes  as  well  as  the  entire  genomes  calculated.  We  identified  core  and  lineage-specific  chromosomes  constituting  the  genome,  and  unique  features  of  each  race. In  each  of  these  research  chapters,  genomic  tools  are  applied  to  a  different  diagnostic  question  ranging  from  identification  of  the  basic  etiology  underlying  a  new  disease  to  next-generation  sequencing  and  discovery  of  unique  genomic  features  contributing  to  virulence  differences  between  individuals  in  a  larger  population.
■590    ▼aSchool  code:  0070.
■650  4▼aPlant  pathology.
■650  4▼aPlant  sciences.
■650  4▼aGenetics.
■653    ▼aMultilocus  sequence  analysis
■653    ▼aNext-generation  sequencing
■653    ▼aPhytopathology
■653    ▼aFusarium  oxysporum
■653    ▼aCitrullus  lanatus
■690    ▼a0480
■690    ▼a0369
■690    ▼a0479
■71020▼aUniversity  of  Florida▼bPlant  Pathology.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g85-03B.
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■790    ▼a0070
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2021
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T16930928▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.
■980    ▼a202402▼f2024