008240612s2023      us  |||||||||||||||c||eng  d
■001000016935302
■00520240214101916
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798380853729
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI30688219
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a576.6
■1001  ▼aChiang,  Timothy  Kaiwen.▼0(orcid)0009-0000-5811-9221
■24510▼aMeasuring  the  Effects  of  Viral  RNA  Structure  on  Capsid  Self-Assembly▼h[electronic  resource]
■260    ▼a[S.l.]:▼bHarvard  University.  ▼c2023
■260  1▼aAnn  Arbor  :▼bProQuest  Dissertations  &  Theses,  ▼c2023
■300    ▼a1  online  resource(159  p.)
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  85-05,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Manoharan,  Vinothan  N.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--Harvard  University,  2023.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  sold  to  any  third  party  vendors.
■520    ▼aPositive-sense  single-stranded  RNA  viruses  assemble  into  protein  shells  that  each  encapsulate  a  single  molecule  of  RNA.  The  assembly  of  the  protein  shell,  called  the  capsid,  is  a  complex  process,  one  in  which  the  structure  of  the  viral  RNA  genome  may  play  a  critical  role.  Owing  to  the  challenging  nature  of  studying  RNA  folding,  capsid  assembly,  and  the  effect  of  one  on  the  other,  our  understanding  of  this  process  remains  limited.In  this  PhD  thesis,  I  present  a  series  of  new  approaches  for  measuring  RNA  structure  and  its  effects  on  virus  capsid  assembly.  In  the  first  half,  I  describe  efforts  to  probe  the  complex  structures  of  large  RNA  molecules  using  a  technique  based  on  the  hybridization  of  short  complementary  strands  of  DNA.  I  use  multidimensional  DNA  microarrays,  termed  "patch-probe"  arrays,  to  measure  couplings  between  regions  of  a  viral  RNA  molecule,  from  which  the  intramolecular  connectivity  can  be  inferred.  The  resulting  map  of  connections  reveals  a  distribution  of  short-  and  long-range  connections  that  are  consistent  with  several  previously  reported  structural  models.  In  the  second  half  of  this  thesis,  I  describe  investigations  of  the  effects  of  RNA  structure  on  the  yield  and  kinetics  of  virus  capsid  assembly.  I  show  that  the  kinetics  of  the  nucleation-and-growth  assembly  pathway,  mediated  by  stem-loop  structures  within  the  native  RNA  structure,  can  drive  selective  packaging  of  the  RNA  in  vitro.Through  these  studies,  we  have  developed  a  richer  picture  of  RNA  folding  and  the  roles  of  RNA  structure  in  virus  capsid  assembly.  Our  work  has  also  provided  insights  into  the  potential  mechanisms  by  which  RNA  structure  impacts  capsid  assembly,  and  has  identified  avenues  for  future  research  in  this  area.
■590    ▼aSchool  code:  0084.
■650  4▼aVirology.
■650  4▼aCellular  biology.
■653    ▼aVirus  capsid
■653    ▼aHybridization
■653    ▼aProtein  shell
■653    ▼aMicroarrays
■653    ▼aSingle  molecule
■690    ▼a0720
■690    ▼a0379
■71020▼aHarvard  University▼bEngineering  and  Applied  Sciences  -  Applied  Physics.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g85-05B.
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■790    ▼a0084
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2023
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T16935302▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.
■980    ▼a202402▼f2024