008240612s2021      us  |||||||||||||||c||eng  d
■001000016930935
■00520240214095838
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798380583343
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI28413059
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a530
■1001  ▼aBenjamin,  Daniel.
■24510▼aPlasma-Generated  Hydroxyl  Radicals  for  Epitope  Mapping▼h[electronic  resource]
■260    ▼a[S.l.]:▼bThe  University  of  Wisconsin  -  Madison.  ▼c2021
■260  1▼aAnn  Arbor  :▼bProQuest  Dissertations  &  Theses,  ▼c2021
■300    ▼a1  online  resource(181  p.)
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  85-04,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Shohet,  J.  Leon.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--The  University  of  Wisconsin  -  Madison,  2021.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  sold  to  any  third  party  vendors.
■520    ▼aA  technology,  Plasma  Induced  Modification  of  Biomolecules  (PLIMB),  has  been  developed  for  measuring  three-dimensional  (3-D)  structural  characteristics  of  proteins.  It  is  used  to  perform  hydroxyl-radical  protein  footprinting  (HRPF)  wherein  a  protein's  solvent-accessible  side  chains  are  oxidized  in  solution  using  a  hydroxyl-radical  source  and  then  analyzed  with  mass  spectrometry. Although  a  technology  like  PLIMB  can  be  used  for  many  different  applications,  the  unique  characteristics  of  the  technology  and  data  it  can  produce  may  prove  it  to  be  uniquely  qualified  for  the  role  of  mapping  the  epitopes,  or  binding  locations,  of  protein  therapeutics  to  their  target  molecules.  This  is  a  crucial  aspect  of  drug  development  and  is  important  for  drug  optimization  and  intellectual-property  filings. Although  several  proof-of-concept  experiments  demonstrating  PLIMB's  utility  have  been  performed,  additional  research  and  development  must  be  completed  before  PLIMB  can  be  considered  a  viable  option  for  epitope  mapping.  We  hypothesize  that  by  implementing  technological  improvements,  processes,  and  methods,  the  epitopes  for  protein  therapeutics  can  be  mapped  with  PLIMB.This  work  first  demonstrates  the  use  of  PLIMB  for  mapping  the  epitope  of  an  antibody/antigen  pair.  Experimentation  and  data  analysis  using  this  procedure  was  effective,  as  several  regions  of  the  antigen  were  identified  as  the  epitope  region,  which  agree  with  previously  published  results.To  address  the  recurring  issue  of  variability  in  PLIMB  data,  a  feedback-control  system  was  developed,  which  uses  UV-spectroscopy  to  measure  hydroxyl  radical  generation  in  real  time.  Samples  of  the  amino  acid  methionine  were  exposed  to  plasma  and  the  amount  of  oxidation  was  measured  with  mass  spectrometry.  The  results  showed  a  reduction  in  the  coefficient  of  variation  between  replicate  samples  from  15%  to  6%  when  using  the  feedback  control  system,  thus  demonstrating  its  utility.To  extract  solvent  accessibility  measurements  from  PLIMB  data,  a  procedure  developed  by  other  HRPF  researchers  was  used.  Samples  of  the  protein  myoglobin  were  exposed  to  various  plasma-exposure  times.  Then  a  reactivity-normalized  oxidation  rate  was  calculated  for  several  myoglobin  amino  acids.  Results  showed  a  linear  correlation  between  reactivity-normalized  oxidation  rates  and  solvent-accessibility  measurements  generated  from  a  published  3-D  structure  of  myoglobin,  and  a  root-mean-squared  error  in  calculated  solvent  accessible  surface  areas  of  24.98  A2  . 
■590    ▼aSchool  code:  0262.
■650  4▼aPlasma  physics.
■650  4▼aBiochemistry.
■650  4▼aPharmaceutical  sciences.
■650  4▼aAnalytical  chemistry.
■650  4▼aElectrical  engineering.
■653    ▼aMyoglobin
■653    ▼aMass  spectrometry
■653    ▼aEpitope  mapping
■653    ▼aProtein  therapeutics
■653    ▼aAmino  acid  methionine
■690    ▼a0759
■690    ▼a0487
■690    ▼a0572
■690    ▼a0544
■690    ▼a0486
■71020▼aThe  University  of  Wisconsin  -  Madison▼bElectrical  Engineering.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g85-04B.
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■790    ▼a0262
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2021
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T16930935▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.
■980    ▼a202402▼f2024