008240612s2022      us  |||||||||||||||c||eng  d
■001000016931136
■00520240214095924
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798380604284
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI29322239
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a574.5
■1001  ▼aGumbi,  Bonginkosi  Charles.
■24510▼aMicrobiotic  and  Genetic  Variation  in  a  Ubiquitous  African  Rodent,  Mastomys  natalensis▼h[electronic  resource]
■260    ▼a[S.l.]:▼bUniversity  of  Florida.  ▼c2022
■260  1▼aAnn  Arbor  :▼bProQuest  Dissertations  &  Theses,  ▼c2022
■300    ▼a1  online  resource(163  p.)
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  85-04,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Austin,  James.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  Florida,  2022.
■506    ▼aThis  item  must  not  be  sold  to  any  third  party  vendors.
■520    ▼aAs  a  result  of  human  population  growth,  there  has  been  an  increase  in  urbanization  and  monoculture  resulting  in  drastic  changes  in  environmental  conditions.  Generalist  species  thrive  in  human-dominated  ecosystems,  and  they  do  this  by  adapting  to  a  novel  set  of  conditions  unavailable  in  their  natural  habitats.To  examine  the  genomic  signal  of  adaptive  variation,  I  performed  a  comparative  genomic  analysis  between  two  African  rodents,  M.  natalensis  and  M.  coucha.  I  generated  Single  Nucleotide  Polymorphism  (SNPs)  dataset  from  M.  natalensis  populations  from  urban  areas,  commercial  sugarcane  fields,  and  rural  areas  under  subsistence  agriculture  to  examine  molecular  evidence  of  local  adaptation.  Finally,  I  generated  a  metagenomic  dataset  to  characterize  the  variation  in  the  gut  microbiome  of  M.  natalensis  from  the  three  land-use  types.I  found  90%  similarity  between  the  genomes  of  M.  natalensis  and  M.  coucha  with  significant  enrichment  of  genes  associated  with  reproduction.  These  findings  may  explain  the  high  fecundity  and  generalist  behavior  observed  in  the  Mastomys  species,  especially  in  M.  natalensis.In  addition,  I  found  that  the  microbiome  communities  of  rodents  captured  in  sugarcane  fields  were  more  even  and  had  higher  species  diversity  than  rodents  from  urban  or  rural  areas.  Likewise,  the  microbiome  community  of  rodents  trapped  in  the  wet-warm  season  was  more  diverse  than  those  captured  in  the  cold-dry  season.  These  findings  may  reflect  the  omnivorous  dietary  behavior  and  affinity  for  human-food  resources  observed  in  this  species.  I  observed  a  positive  correlation  between  microbial  diversity  and  body  mass  index.  Individuals  from  sugarcane  and  wet-warm  season  had  the  largest  body  mass  index.Based  on  the  analyses  of  19,357  SNP  loci,  I  found  evidence  of  limited  genetic  structure,  reflecting  high  gene  flow,  and  limited  genetic  drift.  In  addition,  I  found  49  SNP  loci  under  selection,  with  the  main  driver  of  putatively  adaptive  divergence  between  urban  habitats  and  the  other  two  land-use  types.Efforts  to  understand  the  adaptation  of  generalist  species  need  to  involve  a  holistic  approach  to  studying  ecology  and  evolution.  This  study  has  provided  some  essential  genomic  resources  that  can  be  utilized  to  augment  our  knowledge  of  Mastomys  ecology  and  evolution  and  help  improve  Ecologically  Based  Rodent  Management.
■590    ▼aSchool  code:  0070.
■650  4▼aEcology.
■650  4▼aGenetics.
■650  4▼aEnvironmental  science.
■653    ▼aAdaptation
■653    ▼aAgro-ecosytem
■653    ▼aGenomics
■653    ▼aGut  microbiota
■653    ▼aMastomys
■653    ▼aUrbanization
■690    ▼a0329
■690    ▼a0369
■690    ▼a0768
■71020▼aUniversity  of  Florida▼bWildlife  Ecology  and  Conservation.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g85-04B.
■773    ▼tDissertation  Abstract  International
■790    ▼a0070
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2022
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T16931136▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.
■980    ▼a202402▼f2024