MARC

 008250123s2024        us                              c    eng  d
■001000017164049
■00520250211152825
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798384064367
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI31560037
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a574
■1001  ▼aTsai  Nakashima,  Whitney  L.  E.
■24510▼aGenomic  Approaches  to  Studying  Evolution  and  Adaptation  in  Birds
■260    ▼a[Sl]▼bUniversity  of  California,  Los  Angeles▼c2024
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2024
■300    ▼a101  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  86-03,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Smith,  Thomas  Bates;Alfaro,  Michael  Edward.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  California,  Los  Angeles,  2024.
■520    ▼aThis  doctoral  dissertation  focuses  on  genomic  approaches  to  study  evolution  and  adaptation  in  birds.  Recent  advances  in  next-generation  sequencing  (NGS)  technology  and  analytical  tools  are  making  the  production  of  genomic  data  more  accessible  than  ever  before.  As  such,  the  accumulation  of  genomic  data  is  occurring  at  an  ever-increasing  pace.  This  genomic  data  harbors  a  trove  of  information  waiting  to  be  unlocked.  For  birds,  an  initiative  called  the  Bird  10,000  Genomes  Project  strives  to  produce  genomes  for  all  living  species  of  birds.  This  growing  availability  of  bird  genomes  is  fueling  our  ability  to  understand  the  genetic  architecture underlying  evolutionary  and  adaptative  processes.  In  my  dissertation,  I  use  genomic  data  and  analytical  tools  to  understand  color  evolution  and  genomic  signals  of  climate  adaptation  in  birds.My  first  two  chapters  explore  color  and  visual  system  evolution  in  birds.  In  the  first  chapter,  I  introduce  the  R  package,  charisma,  for  categorizing  color  from  digital  images  for  high-throughput  analyses  of  color  evolution.  Current  color  categorization  of  digital  images  often  entails  manual  classification  of  color  for  each  image  or  a  single  estimate  of  colors  for  the  entire  group.  I  present  charisma  a  novel  efficient  and  standardized  method  to  identify  biologically  relevant  colors  in  thousands  of  images.  In  the  second  chapter,  I  explore  the  evolution  of  avian  visual  system  sensitivity.  I  align  and  trim  SWS1  opsin  sequences  to  predict  the  visual  sensitivity  of  418  bird  species  across  the  bird  tree  of  life.  I  estimate  rates  and  reconstruct  ancestral  states  of  visual  system  sensitivity.  I  found  that  a  violet-sensitive  visual  system  is  ancestral  in  birds  and  that  an  ultraviolet-sensitive  visual  system  has  evolved  at  least  18  times  across  the  bird  tree  of  life.In  the  last  two  chapters  of  my  dissertation,  I  present  a  reference  genome  and  investigate  climate  adaptation  in  Yellow  Warblers,  Setophaga  petechia.  In  my  third  chapter,  I  present  a  highly  contiguous  reference  genome  assembly  for  Yellow  Warbler  using  HiFi  long-read  and  Hi-C  proximity  sequencing  technologies.  I  generated  a  1.22  Gb  assembly  including  687  scaffolds  with  a  contig  N50  of  6.80  Mb,  scaffold  N50  of  21.18  Mb,  and  a  BUSCO  completeness  score  of  96.0%.  This  high-quality  reference  provides  a  key  resource  for  understanding  gene  flow,  divergence,  and  local  adaptation  and  informing  conservation  management.  In  my  fourth  chapter,  I  investigate  genomic  signals  of  climate  adaptation  in  Yellow  Warblers  in  California.  Climate  change  is  an  ongoing  threat  to  biodiversity  and  species  are  being  forced  to  respond  or  face  extinction.  This  response  is  dependent  on  their  ability  to  adapt  to  rapidly  changing  environments. I  use  a  whole  genome  sequencing  approach  to  examine  genomic  signals  of  local  adaptation  in  California  breeding  Yellow  Warblers  to  identify  populations  most  vulnerable  to  climate  change.  Despite  low  genetic  structure  in  Yellow  Warblers  breeding  in  California,  I  identified  unique  genotype-environment  associations  and  2,972  putatively  adaptive  single-nucleotide  polymorphisms  across  137  individuals.  This  study  highlights  the  importance  of  understanding  neutral  and  adaptive  genetic  variation  in  bird  populations.
■590    ▼aSchool  code:  0031.
■650  4▼aBiology
■650  4▼aEcology
■650  4▼aClimate  change
■653    ▼aAdaptation
■653    ▼aEvolution
■653    ▼aOrnithology
■653    ▼aNext-generation  sequencing
■653    ▼aBiodiversity
■690    ▼a0306
■690    ▼a0404
■690    ▼a0329
■71020▼aUniversity  of  California,  Los  Angeles▼bBiology  0123.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g86-03B.
■790    ▼a0031
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2024
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17164049▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

미리보기

내보내기

chatGPT토론

Ai 추천 관련 도서