MARC

 008250123s2024        us                              c    eng  d
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■020    ▼a9798383186794
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI31334697
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a574
■1001  ▼aPeyda,  Parham.
■24510▼aRegulation  of  Alternative  Pre-mRNA  Splicing  by  a  Heteromeric  Complex  of  RNA  Binding  Proteins
■260    ▼a[Sl]▼bUniversity  of  California,  Los  Angeles▼c2024
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2024
■300    ▼a137  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  86-01,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Black,  Douglas  L.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  California,  Los  Angeles,  2024.
■520    ▼aThe  Rbfox  proteins  regulate  essential  splicing  programs  in  various  tissues.  These  proteins  have  a  conserved  RNA  binding  domain  that  binds  to  the  GCAUG  element  and  a  C-terminal  domain  that  binds  to  a  large  assembly  of  splicing  regulators  (LASR),  a  heteromeric  complex  of  RNA-binding  proteins.  The  LASR  subunits  have  varying  affinities  for  distinct  RNA  motifs,  yet  it  is  unclear  how  the  Rbfox/LASR  complex  contacts  RNA  and  regulates  specific  exons.  In  chapter  2,  we  map  the  transcriptome-wide  binding  sites  of  Rbfox1/LASR  via  a  nuclease-protection  assay.  These  sites  contain  combinations  of  motifs  for  Rbfox  and  LASR  subunits  hnRNP  M,  hnRNP  H/F,  hnRNP  C,  and  Matrin3.  These  regions  of  RNA  are  adjacent  to  many  cassette  exons  and  individual  motifs  within  them  contribute  additively  to  exon  activation.  LASR  influences  the  target  recognition  of  Rbfox  by  enabling  it  to  activate  exons  through  binding  not  only  to  GCAUG  elements  but  also  to  lower-affinity  secondary  motifs  adjacent  to  LASR  binding  sites.  LASR  bound  to  an  RNA  binding  mutant  Rbfox1  regulates  additional  exons.  These  results  demonstrate  that  the  Rbfox/LASR  complex  regulates  splicing  through  multi-subunit  recognition  of  cis-regulatory  RNA  modules,  illustrating  how  splicing  signals  are  decoded  by  combinatorial  interactions  between  RNA-binding  proteins.In  addition  to  contacting  RNA,  the  Rbfox/LASR  complex  self-assembles  into  higher-order  structures.  This  process  is  mediated  by  homo-oligomerization  of  a  low  complexity,  tyrosine-rich  region,  called  C2,  in  Rbfox's  C-terminal  domain.  Self-assembly  of  Rbfox  is  essential  for  splicing  activation  of  a  subset  of  its  targets.  However,  it  remains  unclear  what  parts  or  motifs  within  C2,  aside  from  the  tyrosine  residues,  promote  oligomerization.  In  chapter  3,  we  develop  two  in  vitro  assays  to  investigate  how  the  C2  region  of  Rbfox2  oligomerizes.  We  find  that  different  parts  of  C2  can  promote  or  inhibit  oligomerization.  Furthermore,  clusters  of  differently  spaced  tyrosines  in  C2  have  distinct  effects  on  its  self-assembly.  These  assays  and  findings  can  be  useful  for  future  explorations  of  Rbfox  oligomerization.
■590    ▼aSchool  code:  0031.
■650  4▼aMolecular  biology
■650  4▼aBiochemistry
■653    ▼aAlternative  splicing
■653    ▼aHomo-oligomerization
■653    ▼aOligomerization
■653    ▼aTyrosine
■690    ▼a0307
■690    ▼a0487
■71020▼aUniversity  of  California,  Los  Angeles▼bMolecular  Biology  0573.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g86-01B.
■790    ▼a0031
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2024
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17162615▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

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