MARC

 008250123s2024        us                              c    eng  d
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■020    ▼a9798383220375
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI31328708
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a574
■1001  ▼aRathwell,  Christina  Renee.
■24510▼aVirus-Microbe  Interactions  in  Marine  Environments  Determined  by  DNA  Proximity  Linkages
■260    ▼a[Sl]▼bUniversity  of  Washington▼c2024
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2024
■300    ▼a176  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  86-01,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Rocap,  Gabrielle.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  Washington,  2024.
■520    ▼aMicrobial  processes  in  the  ocean  drive  global  biogeochemical  cycles  and  within  microbial  communities  the  most  abundant  entities  are  viruses.  Viruses  in  the  marine  environment  can  alter  microbial  community  composition  and  genomic  potential  when  they  interact  with  host  and  non-host  microbes.  However,  because  many  host  microbes  are  not  yet  in  culture,  traditional  methods  of  culturing  viruses  cannot  yet  be  undertaken  for  most  viruses.  A  key  component  of  interpreting  data  collected  about  virus  presence  and  abundance  across  the  world's  oceans  is  determining  with  which  microbes  they  can  interact  and  under  what  conditions.  In  this  thesis,  I  apply  the  DNA  linkage  method  known  as  Hi-C  sequencing  to  map  out  virus-host  interactions  in  three  different  environments.  In  Chapter  1,  I  used  this  method  to  determine  the  impact  and  interaction  of  viruses  with  hosts  in  both  particle-associated  and  free-living  microbial  communities  at  a  depth  below  the  euphotic  zone  in  a  shallow  coastal  fjord.  I  inferred  that  infected  cells  on  particles  were  likely  delivered  to  greater  depths  by  particle  flux  and  that  viruses  moved  into  new  environments  where  host  cells  are  sparse  may  interact  with  non-host  organisms.  In  Chapter  2,  I  used  Hi-C  sequencing  to  analyze  viral  activity  within  the  deep  chlorophyll  maximum  of  the  Eastern  Tropical  North  Pacific.  Viruses  were  linked  across  multiple  phytoplankton  populations.  I  obtained  evidence  of  viral  auxiliary  metabolic  genes  (AMGs)  within  Synechococcus  cells  at  the  time  of  sampling.  Hi-C  links  also  provided  evidence  of  a  known  Phycodnaviridae,  as  well  as  a  Mimivirus  infecting  a  Bathycoccus  prasinos  at  the  time  of  sampling.  Furthermore,  a  CrAss-like  phage  was  shown  to  be  interacting  with  a  Planctomycetes  of  the  Pirellulales  order,  a  novel  host  in  the  marine  environment  for  the  Crassvirales  family.In  Chapter  3,  I  analyzed  virus-microbe  interactions  in  an  oxygen  deficient  zone  (ODZ),  in  the  Eastern  Tropical  North  Pacific,  from  which  few  microbes  have  been  cultivated.  The  majority  of  organisms  at  this  depth  are  prokaryotic  and  live  amongst  a  diverse  and  unique  community  of  viruses  that  have  remained  difficult  to  characterize.  Hi-C  links  enhanced  microbial  binning  and  resulted  in  268  medium-to-high  quality  bins  with  genomic  potential  for  a  range  of  methane,  sulfur  and  nitrogen  cycling  metabolisms  in  the  sample  examined.  We  associated  75  viral  genomes  with  microbial  metagenomes  in  one  sample  and  identified  19  virus-host  interactions  with  high  virus  per  host  cell  values.  Though  some  virus-host  interactions  were  predicted  with  computational  software,  the  majority  of  viruses  linking  with  hosts  by  Hi-C  were  not  predicted  computationally  and  these  were  statistically  more  abundant  within  the  metagenome.  Summarily,  Hi-C  method  applied  in  this  thesis  revealed  virus-microbe  activity  that  other  tools  at  our  disposal  could  not,  increasing  our  understanding  of  the  complex  path  viral  DNA  may  travel  in  marine  environments,  suggesting  unique  influences  on  biogeochemical  cycling  and  potential  genetic  diversity.
■590    ▼aSchool  code:  0250.
■650  4▼aBiological  oceanography
■650  4▼aMicrobiology
■650  4▼aBiogeochemistry
■653    ▼aHi-C  sequencing
■653    ▼aMetagenomics
■653    ▼aOxygen  deficient  zone
■653    ▼aPhytoplankton
■653    ▼aPuget  sound
■653    ▼aMarine  viruses
■690    ▼a0416
■690    ▼a0410
■690    ▼a0425
■71020▼aUniversity  of  Washington▼bOceanography.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g86-01B.
■790    ▼a0250
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2024
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17162272▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

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