MARC

 008250123s2024        us                              c    eng  d
■001000017160422
■00520250211151016
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798383565964
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI30995958
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a575
■1001  ▼aMusaev,  Damir.
■24510▼aCoding  Sequence  Dependent  mRNA  Decay  Regulation
■260    ▼a[Sl]▼bYale  University▼c2024
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2024
■300    ▼a124  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  86-02,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Giraldez,  Antonio  J.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--Yale  University,  2024.
■520    ▼aPost-transcriptional  mRNA  regulation  shapes  gene  expression,  yet  the  full  extent  of  cis-regulatory  sequences  and  how  translation  shapes  the  regulation  of  these  elements  is  poorly  understood.  To  identify  conserved  cis-regulatory  elements  shaping  mRNA  stability,  I  analyzed  the  features  associated  with  differential  mRNA  decay  in  two  vertebrate  systems:  steady-state  HEK293  cells  and  developing  zebrafish  embryos.  I  found  that  strength  of  translation  initiation  (Kozak  score),  uORF  content,  codon  optimality,  AU-rich  elements,  microRNA  binding  sites,  and  ORF  length  function  combinatorially  to  regulate  mRNA  stability.  Surprisingly,  machine  learning  analysis  identified  ORF  length  as  the  most  important  conserved  feature  regulating  mRNA  decay.  I  found  that  mRNAs  with  long  ORFs  have  lower  translation  efficiency,  thus  potentially  more  ribosome  depleted  regions.  To  find  factors  involved  in  targeting  long  ORFs  to  decay,  I  used  yeast  knockout  screen  that  revealed  Upf1  as  a  factor  to  target  "poorly  translated/untranslated"  mRNA  regions  of  long  ORFs.  Using  a  massive  parallel  reporter  assay  (MPRA)  I  show  that  Upf1  binds  poorly  translated  and  untranslated  ORFs  which  are  associated  with  higher  decay  rate,  including  mRNAs  with  uORFs  and  those  with  exposed  ORFs  after  stop  codons.  Additionally,  Upf1  knockdown  stabilizes  mRNAs  with  long  ORFs  or  containing  uORFs.  My  study  emphasizes  Upf1's  converging  role  in  surveilling  mRNAs  with  exposed  ORFs  that  are  poorly  translated  including  mRNAs  with  long  ORFs,  ORF-like  3'UTRs  and  mRNAs  containing  uORFs.  I  propose  that  Upf1  regulation  of  poorly/untranslated  ORFs  provides  a  unifying  mechanism  of  surveillance  in  regulating  mRNA  stability  and  homeostasis  in  an  EJC-independent  NMD  pathway  that  I  term  ORF  Mediated  Decay  (OMD).
■590    ▼aSchool  code:  0265.
■650  4▼aGenetics
■650  4▼aMolecular  biology
■650  4▼aBioinformatics
■650  4▼aBiology
■650  4▼aBiochemistry
■653    ▼aHomeostasis  
■653    ▼aMicroRNA
■653    ▼aNMD  pathway
■653    ▼aORF  length
■653    ▼aGene  expression
■653    ▼aORF  Mediated  Decay
■690    ▼a0369
■690    ▼a0307
■690    ▼a0715
■690    ▼a0487
■690    ▼a0306
■71020▼aYale  University▼bGenetics.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g86-02B.
■790    ▼a0265
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2024
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17160422▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

Preview

Export

ChatGPT Discussion

AI Recommended Related Books