MARC

 008250123s2024        us                              c    eng  d
■001000017164862
■00520250211153056
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798346385974
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI31643405
■035    ▼a(MiAaPQ)Stanfordxp541sv2618
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a574
■1001  ▼aLe,  Derek  J.
■24510▼aIlluminating  the  3D  Interactions  Between  Super-Enhancers  with  Microscopy
■260    ▼a[Sl]▼bStanford  University▼c2024
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2024
■300    ▼a74  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  86-05,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Boettiger,  Alistair.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--Stanford  University,  2024.
■520    ▼aEnhancers  are  non-protein  coding  sequences  in  the  genome  that  help  promote  transcription  of  genes.  Enhancer  sequences  are  typically  bound  by  transcription  factors  that  regulate  lineage-  and  cell  type-specific  genes  for  proper  cell  function  and  development.  Traditionally,  this  regulatory  effect  is  thought  to  occur  through  pairwise,  physical  looping  of  the  enhancer  sequence  to  its  target  promoter  in  proximal  3D  space,  allowing  proteins  at  the  enhancer  to  be  in  contact  with  proteins  at  the  promoter.  However,  recent  discoveries  have  observed  3D  configurations  and  interactions  that  are  less  consistent  with  a  pairwise  contact-driven  model  and  more  consistent  with  a  multivalent  "hub"  model  with  multiple  enhancers  and  promoters  interacting  within  a  common  space  in  the  nucleus.To  address  this  gap  of  knowledge,  my  dissertation  focuses  on  characterizing  interactions  between  super-enhancers  (SEs)  as  a  model  of  multiway  enhancer  and  promoter  interactions.  Super-enhancers  were  chosen  based  on  their  previously  described  properties:  (1)  enriched  to  regulate  genes  important  for  cell  identity  and  function  that  could  potentially  be  coregulated;  (2)  exceptionally  occupied  by  TFs  and  coactivators  that  were  shown  or  hypothesized  to  cluster;  and  (3)  their  detection  in  multiway  SE-SE  interactions  with  proximity-ligation  free  methods,  genome  architecture  mapping  and  split-pool  recognition  of  interactions  by  tag  extension.  Utilizing  optical  reconstruction  of  chromatin  architecture,  a  single-cell,  sequential  fluorescent  in  situhybridization  method,  I  found  that  SE  interaction  clusters  are  rare  at  close  contact  thresholds.  However,  a  larger  contact  threshold  identified  SE  communities  that  assemble  cooperatively  and  are  associated  with  decreasing  linear  genomic  distance,  RNA  Pol2  and  Med1  occupancy,  and  nuclear  compartmentalization.  Moreover,  SE  communities  are  also  associated  with  increased  transcriptional  bursting,  challenging  both  pairwise  and  hub  models  in  the  context  of  SE-mediated  transcriptional  regulation.
■590    ▼aSchool  code:  0212.
■650  4▼aHybridization
■650  4▼aChromosomes
■650  4▼aRNA  polymerase
■650  4▼aGene  expression
■650  4▼aGenomes
■650  4▼aStem  cells
■650  4▼aBar  codes
■650  4▼aMicroscopy
■650  4▼aTranscription  factors
■650  4▼aBiochemistry
■650  4▼aBioinformatics
■650  4▼aCellular  biology
■650  4▼aGenetics
■690    ▼a0487
■690    ▼a0715
■690    ▼a0379
■690    ▼a0369
■71020▼aStanford  University.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g86-05B.
■790    ▼a0212
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2024
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17164862▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

미리보기

내보내기

chatGPT토론

Ai 추천 관련 도서