MARC

 008250123s2024        us                              c    eng  d
■001000017160485
■00520250211151028
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798382211220
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI30997027
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a575
■1001  ▼aRegalado,  Samuel  Gabriel.
■24510▼aScalable  Methods  for  Genomic  Analysis  of  In  Vitro  Models  of  Mammalian  Embryogenesis
■260    ▼a[Sl]▼bUniversity  of  Washington▼c2024
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2024
■300    ▼a273  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  85-10,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Shendure,  Jay.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--University  of  Washington,  2024.
■520    ▼aMammalian  development,  from  the  single-celled  zygote  to  a  multicellular  individual,  is  an  incredible  dynamic  journey  that  is  marked  by  many  milestones  measurable  across  many  scales.  In  fact,  by  the  end  of  the  first  two  weeks  of  human  embryogenesis,  most  precursors  of  major  tissues  and  organs  required  for  life  are  already  present.  This  developmental  milestone  is  known  as  gastrulation.  Here  the  embryo  or  gastrula  undergoes  invagination,  creating  the  blastopore  and  three  major  layers.  For  example,  the  outermost  layer,  known  as  ectoderm,  gives  rise  to  the  nervous  system  and  skin;  the  middle  layer,  known  as  the  mesoderm,  gives  rise  to  the  musculoskeletal  system  and  the  heart;  the  innermost  layer,  known  as  the  endoderm,  gives  rise  to  internal  organs  such  as  the  lungs  and  liver.  Collectively,  these  developmental  cell  types  constitute  the  three  major  germ  layers.  Thus  it  is  at  the  stage  of  gastrulation  that  cells  of  the  embryo  are  specified  toward  distinct  fates,  leaving  behind  their  relatively  indistinct  transcriptional  states  as  pluripotent  precursors.  The  advent  of  large  consortia  efforts,  like  the  Human  Genome  Project  or  ENCODE,  has  ushered  in  new  sequencing  technologies,  e.g.  single-cell  molecular  phenotyping  modalities like  scRNA-seq,  that  are  capable  of  uncovering  the  individual  components  or  features  of  the  genome  that  support  the  blueprint  for  multicellularity.  For  example,  we  now  know  that  the  genome  can  be  partitioned  into  two  categories:  the  coding  genome  and  the  non-coding  genome.  The  coding  genome  is  largely  made  up  of  genes,  including  cell-type  specifying  transcription  factors  (TFs).  While  approximately  ~22,000  protein-coding  genes  have  been  decoded  and  cataloged,  of  which  ~1600  or  so  are  thought  to  be  TFs,  the  overall  coding  proportion  only  makes  up  1-2%  of  the  mammalian  genome.  The  other  98%  of  the  genome  is  defined  by  the  non-coding  genome,  where  ~1  million  non-coding  regulatory  elements,  namely  enhancers,  are  thought  to  reside.  Despite  our  ever-growing  knowledge  of  the  genome,  we  know  very  little  about  the  transcription  factors  or  enhancers  that  are  required  for  the  myriad  of  cell  types  required  for  mammalian  development.  How  this  remarkable  process  unfolds  at  the  molecular  level  is  a  timely  question  that  remains  elusive.The  focus  of  my  PhD  has  been  to  elucidate  how  the  process  of  early  development  works,  particularly  when  cells  undergo  cell  fate  specification  during  gastrulation.  More  specifically,  I  have  been  intensely  focused  on  understanding  the  dynamics  of  germ  layer  formation  through  1)  functional  characterization  of  non-coding  DNA  elements  or  enhancers,  2)  defining  key  developmental  transcription  factors,  and  3)  tracing  histories  of  cell  lineages  as  they  are  emerging  within  a  multicellular  system.  To  tackle  these  complex  areas  of  investigation,  I  have  developed  scalable  methods  applied  to  multicellular  in  vitro  embryoid  model  systems  of  early  development.  In  the  first  chapter,  I  describe  current  strategies  to  understand  early  development  and  cell  fate  specification.  In  the  second  chapter,  I  describe  efforts  to  perturb  and  record  lineages  using  a  novel  platform  for  clonal  organoid  generation.  In  the  third  chapter,  I  describe  a  highly  multiplexed  method  with  single-cell  resolution  for  measuring  autonomous  activity  of  non-coding  regulatory DNA  in  a  multicellular  context.  Finally,  in  the  last  chapter,  I  conclude  with  my  thoughts  on  the  future  of  in  vitro  models  alongside  multi-modal  measurements. 
■590    ▼aSchool  code:  0250.
■650  4▼aGenetics
■650  4▼aBiology
■650  4▼aDevelopmental  biology
■650  4▼aCellular  biology
■653    ▼aCell  lineages
■653    ▼aRegulatory  elements
■653    ▼aSingle-cell  resolution
■653    ▼aMulticellular  system
■653    ▼aTranscription  factors
■653    ▼aCoding  genome
■690    ▼a0369
■690    ▼a0306
■690    ▼a0758
■690    ▼a0379
■71020▼aUniversity  of  Washington▼bGenome  Sciences.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g85-10B.
■790    ▼a0250
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2024
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17160485▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

미리보기

내보내기

chatGPT토론

Ai 추천 관련 도서