MARC

 008260126s2025        us                              c    eng  d
■001000017359204
■00520260202104849
■006m          o    d                
■007cr#unu||||||||
■020    ▼a9798288815058
■035    ▼a(MiAaPQ)AAI32200938
■035    ▼a(MiAaPQ)Stanforddg033bv5231
■040    ▼aMiAaPQ▼cMiAaPQ
■0820  ▼a572.6
■1001  ▼aFryer,  Kelsey  Anne.
■24510▼aThe  Role  of  Underlying  DNA  Sequence  and  Associated  RNA  in  Centromeric  Chromatin  Identity  and  Maintenance
■260    ▼a[Sl]▼bStanford  University▼c2025
■260  1▼aAnn  Arbor▼bProQuest  Dissertations  &  Theses▼c2025
■300    ▼a185  p
■500    ▼aSource:  Dissertations  Abstracts  International,  Volume:  87-02,  Section:  B.
■500    ▼aAdvisor:  Straight,  Aaron.
■5021  ▼aThesis  (Ph.D.)--Stanford  University,  2025.
■520    ▼aFaithful  chromosome  segregation  through  each  round  of  cell  division  in  eukaryotes  is  mediated  by  attachment  of  the  mitotic  spindle  to  a  specialized  region  of  chromatin  known  as  the  centromere.  The  underlying  DNA  at  centromeres  in  many  organisms  is  composed  of  tandem  repeat  arrays  collectively  known  as  satellite  DNA  which  undergo  rapid  evolution  and  vary  widely  across  organisms,  cell  types,  and  even  across  chromosomes  within  the  same  cell.  The  sequence  divergence  and  repetitive  nature  of  satellite  DNA  has  limited  our  understanding  of  its  function  in  defining  the  location  of  the  active  centromere.  In  many  metazoans,  centromeres  are  defined  epigenetically  by  the  presence  of  the  histone  H3  variant,  CENP-A.  After  DNA  replication,  CENP-A  is  replenished  by  centromere  specific  assembly  machinery,  but  the  exact  mechanism  that  restricts  CENP-A  to  the  existing  centromere  is  not  completely  known.  This  work  focused  on  investigating  two  potential  ways  the  underlying  sequence  may  be  contributing  to  establishing  and  maintaining  a  functional  centromere.  The  first  is  by  direct  binding  of  CENP-A  assembly  machinery  to  centromeric  DNA.  The  second  potential  role  of  centromeric  sequences  is  to  code  for  RNA  that  either  recruits  other  factors  or  directly  mediates  centromeric  chromatin  regulation.Previous  work  in  our  lab  as  well  as  others  demonstrated  that  the  Mis18  binding  protein,  M18BP1,  is  critical  for  CENP-A  assembly  and  localizes  to  the  centromere  even  in  the  absence  of  most  other  centromere  components  including  CENP-A.  To  determine  whether  CENP-A  assembly  is  directed  in  part  by  M18BP1  sequence  recognition,  we  identified  and  mapped  three  domains  within  M18BP1  that  are  capable  of  binding  nucleic  acid.  Using  electrophoretic  mobility  shift  assays  we  determined  that  each  domain  had  a  slightly  higher  affinity  for  satellite  DNA  compared  to  control.  We  also  observed  a  localization  defect  of  M18BP1  mutants  lacking  the  first  or  second  nucleic  acid  binding  domain.Investigating  the  potential  sequence  contribution  in  centromeric  chromatin  regulation  necessitates  a  detailed  understanding  of  the  underlying  sequence  and  associated  RNAs.  We  developed  multiple  k-mer  based  computational  tools  to  identify  and  classify  centromeric  sequences  in  high-throughput  sequencing  data.  Using  these  tools  as  well  as  long-read  sequencing  technology  we  characterized  centromeric  sequences  in  African  clawed  frogs,  Xenopus  laevis,  empowering  the  use  of  in  vitro  egg  extract  to  study  the  role  of  DNA  sequence  in  centromere  establishment  and  maintenance.  We  also  classified  centromeric  sequences  in  chromatin-associated  RNA  sequencing (ChAR-seq)  data  to  map  centromere-associated  RNAs  as  well  as  the  contact  patterns  of  centromere  derived  RNAs.  This  work  generated  the  first  comprehensive  list  of  centromere-associated  RNAs  and  revealed  repeat  array  specific  RNA-DNA  contact  patterns. In  sum,  we  have  characterized  RNA  and  DNA  sequences  at  the  centromere  in  both  humans  and  X.  laevis  facilitating  further  study  into  their  potential  roles  in  establishing  and  maintaining  centromere  identity.  We  have  also  identified  a  mechanism  by  which  centromeric  sequences  may  contribute  to  M18BP1  mediated  CENP-A  assembly  at  the  centromere.  Overall,  this  work  has  advanced  our  understanding  of  the  role  of  RNA  and  DNA  in  centromeric  chromatin  regulation. 
■590    ▼aSchool  code:  0212.
■650  4▼aRNA  polymerase
■650  4▼aSatellite  DNA
■650  4▼aChromosomes
■650  4▼aAmino  acids
■650  4▼aGenomes
■650  4▼aEpigenetics
■650  4▼aSatellites
■650  4▼aStem  cells
■650  4▼aCell  cycle
■650  4▼aCellular  biology
■650  4▼aMolecular  biology
■653    ▼aChromosome  segregation
■653    ▼aEukaryotes
■653    ▼aXenopus  laevis
■653    ▼aAfrican  clawed  frogs
■690    ▼a0379
■690    ▼a0307
■71020▼aStanford  University.
■7730  ▼tDissertations  Abstracts  International▼g87-02B.
■790    ▼a0212
■791    ▼aPh.D.
■792    ▼a2025
■793    ▼aEnglish
■85640▼uhttp://www.riss.kr/pdu/ddodLink.do?id=T17359204▼nKERIS▼z이  자료의  원문은  한국교육학술정보원에서  제공합니다.

미리보기

내보내기

chatGPT토론

Ai 추천 관련 도서